Le directeur général de Voies navigables de France est nommé par décret, sur le rapport du ministre chargé des transports, après avis du conseil d'administration.
Il met en œuvre la politique arrêtée par le conseil d'administration, assure l'exécution de ses délibérations et exerce les compétences que ce dernier lui délègue.
Après accord du conseil d'administration, il peut confier aux agents et aux représentants locaux de l'établissement certaines de ses attributions propres et certaines des compétences que le conseil d'administrations lui a déléguées.
Le directeur général a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement.
Il peut disposer d'une délégation de tout ou partie des pouvoirs du ministre chargé des transports en matière de gestion et de recrutement des personnels mentionnés aux 1° et 2° de l'article L. 4312-3-1, dans des conditions définies par décret en Conseil d'Etat.
Il recrute et gère les personnels mentionnés aux 3° et 4° du même article L. 4312-3-1.
Il peut déléguer ses pouvoirs en matière de gestion et de recrutement aux directeurs des services territoriaux de l'établissement.