Lorsqu'elle est saisie en application de l'article L. 121-2, la Commission nationale du débat public décide de l'opportunité de conduire une procédure de conciliation par une décision motivée et, le cas échéant, désigne un conciliateur parmi ses membres. Le conciliateur peut faire appel à des experts extérieurs qui sont indemnisés par la commission.
Lorsque la conciliation aboutit à un accord, un document indiquant les termes de la solution de compromis retenue et les modalités de suivi de l'accord par les parties prenantes est établi. Il est signé par le maître d'ouvrage ou la personne publique responsable et toutes les parties prenantes ayant participé à la conciliation et rendu public.